2012-2013 sezonunda Spor Toto 2. Lig Beyaz Grup’ta mücadele eden Yeni Malatyaspor, ligi 56 puanla üçüncü sırada bitirdi ve Play-Off’larda mücadele etme hakkını kazandı. Play-Off’ta çeyrek finalde İstanbul ekibi Tepecikspor’u son dakikada bulduğu golle 3-2 geçen ve adını yarı finala yazdıran sarı kırmızılılar, yarı finalde karşılaştığı Muğla ekibi Fethiyespor’a uzatmalarda yediği gollerle 4-2 yenilerek, PTT 1. Lig hayalini gelecek sezona bıraktı.
Öte yandan Yeni Malatyaspor’un 13 maçlık yenilmezlik serisi Fethiyespor karşısında aldığı 4-2’lik yenilgiyle sonlandı. Spor Toto 2. Lig Beyaz Grup’ta en son yenilgisini ligin 22’nci haftasında 24 Şubat Pazar günü Denizli Belediyespor deplasmanında 1-0’lık sonuçla alan sarı kırmızılılar, bu maçın ardından oynadığı 13 karşılaşmayı kaybetmedi. Ligde oynadığı son 12 karşılaşmada 7 galibiyet, 5 beraberlik alan Yeni Malatyaspor, Play-Off ilk müsabakasında da Tepecikspor’u 3-2 yendi. Teknik Direktör Özcan Kızıltan’ın göreve başlamasıyla birlikte 13 maçı kayıpsız atlatan sarı kırmızılıların serisi, Fethiyespor karşısında alınan yenilgiyle sona ermiş oldu.